Logiciel comptabilité pour e-commerce

Les e-commerçants doivent gérer un volume élevé de transactions, la TVA intra-communautaire (OSS), les commissions marketplace, les retours/avoirs et le suivi des stocks valorisés. L'intégration avec Shopify, WooCommerce ou PrestaShop et les passerelles de paiement (Stripe, PayPal) est critique pour automatiser la saisie comptable.

Besoins spécifiques

Import automatique des ventes depuis Shopify/WooCommerce/PrestaShop
Gestion TVA OSS (One Stop Shop) pour ventes intra-UE
Rapprochement des paiements Stripe/PayPal avec commissions
Gestion des avoirs et remboursements en masse
Suivi des stocks valorisés (FIFO/CUMP)
Reporting multi-canal (site, Amazon, marketplace)

Logiciels recommandés pour e-commerce

Pennylane

La comptabilité collaborative pour les PME et leurs experts-comptables

À partir de 14 EUR/mois

4.4(700 avis)

TPEPME

Axonaut

Le logiciel tout-en-un pour TPE : CRM, factures et comptabilité

À partir de 49.99 EUR/mois

4.7(556 avis)

MicroTPE

QuickBooks

Le logiciel de comptabilité cloud leader mondial

À partir de 12 EUR/mois

4.3(4200 avis)

MicroTPEPME

Sage Business Cloud Compta

Le logiciel de comptabilité de référence pour les PME

À partir de 25 EUR/mois

4.0(3200 avis)

TPEPMEETI

Questions fréquentes

Quel logiciel de comptabilité pour un e-commerce ?+

Pennylane est le meilleur choix pour les e-commerçants français grâce à son intégration native Stripe et sa collaboration expert-comptable. Axonaut combine facturation + CRM + comptabilité pour les TPE. QuickBooks reste populaire pour les boutiques internationales.

Comment gérer la TVA OSS en e-commerce ?+

Le régime OSS (One Stop Shop) permet de déclarer la TVA de toutes les ventes intra-UE B2C via un guichet unique. Le logiciel comptable doit appliquer le taux de TVA du pays de livraison et générer la déclaration OSS trimestrielle.

Comment comptabiliser les commissions Stripe et PayPal ?+

Les commissions Stripe (1,5 % + 0,25 EUR) et PayPal (2,99 % + 0,35 EUR) sont des charges financières (compte 6275). Le logiciel doit séparer le montant brut de la vente de la commission pour un rapprochement exact.

Autres métiers

Compta restaurant Compta btp et artisan du bâtiment Compta freelance et consultant Compta profession libérale Compta sci et gestion immobiliere Compta association loi 1901

Sources : G2 — Accounting Software (mars 2026) | INSEE — Entreprises par secteur (mars 2026)